Después de mucho orar, reflexionar y consultar, Juan Eudes se decidió por abandonar la Congregación del Oratorio en 1643, su experiencia allí le había enseñado que el clero necesitaba reformarse mucho antes que los fieles y se decidió a trabajar en ello mediante la fundación de seminarios. El P. Condren, en su momento Superior General, estaba de acuerdo con él; pero el sucesor, el P. Bourgoing, no aprobó el proyecto para fundar un seminario en Caén, Francia. Entonces el P. Eudes decidió formar una asociación de sacerdotes diocesanos, cuyo fin principal sería la formación de un clero adecuado. La nueva asociación quedó fundada el día de la Anunciación (Marzo 25) de 1643, en Caén, Francia con el nombre de «Congregación de Jesús y María». San Juan Eudes y sus cinco primeros compañeros se consagraron a la Santísima Trinidad, y el distintivo de la congregación fue el Corazón de Jesús, en el que estaba incluido místicamente el de María; como símbolo del amor eterno de Jesús a los hombres.